Режим сканирования зависимостей Dependency позволяет получить зависимость сигнала по выбранным каналам от одного или двух аргументов. Например, чтобы получить в режиме AFM зависимость F(Z), нужно вырать канал Deflection, и аргумент Z. При запуске сканирования открывается окно, в котором выводятся отснятые кривые. Зеленым цветом выводится результат прямого прохода, красным -- обратного. Шкала автоматически масштабируется так, чтобы все кривые умещались на изображении. Если в параметрах сканирования N Scans отлично от нуля, то будет отснято указанное число кривых. Результат сканирования усредняется по числу проходов по мере снятия кривых. Если в N Scans стоит 0, то усреднения не происходит, а сканирование продолжается до остановки пользователем кнопкой или командой меню SPM/ Stop. В этом случае на изображении сохраняется только результат последнего прохода.
При снятии зависимости от двух аргументов, пявляется окно, аналогичное окну сканирования поверхности, но по оси X откладывается первый аргумент, а по оси Y второй.